SDS – PAGE är ett förfarande som forskare använder för att separera proteiner baserat på hur de vandrar genom en gel . Gelerna är tillverkade av en polymer som kallas polyakrylamid. När du gör en polyakrylamidgel , du börjar med en blandning av kemikalier : akrylamid , bisakrylamid , SDS och en buffert kemikalie för att stabilisera pH-värdet . Lägga till en persulfat förening och en annan kemikalie som heter TEMED gör att akrylamid för att bilda långa kedjor eller polymerisera . Inledande
persulfat jon i ammoniumpersulfat motsvarar två sulfatjoner länkade med en svag syre – syrebindning . Detta band kan klyva eller bryta i två , vilket ger sulfatradikaler— mycket reaktiva molekyler med en oparad elektron . Sulfat radikal kan reagera med vatten för att generera en hydroxylradikal , eller kan den reagera med monomeren akrylamid för att starta polymerisationsreaktionen. TEMED fungerar som en katalysator som accelererar hastigheten med vilken persulfat Joner bildar radikaler. Addera kedjereaktion
När en hydroxyl-eller sulfat radikal har bildats , angriper det en akrylamidmonomer , med en av elektronerna i dubbelbindningen . Monomeren akrylamid är nu en radikal med en oparad elektron , så fortsätter det att attackera en annan akrylamidmonomer på ett liknande sätt . Denna serie av händelser skapar en snabbt växande kedja av akrylamidmonomerer länkade med enkelbindningar . Den kedjereaktion bara slutar när två radikaler reagerar med varandra . Addera Cross – Linking
p Om akrylamid var närvarande på egen hand , det skulle inte utgöra den tjock gel som du behöver för SDS – PAGE . Polymererna måste vara tvärbundna för att bilda en gel med rätt egenskaper , och det är där bisakrylamid kommer i. dubbelbindningar i bisakrylamid också tjänar som ett mål för radikaler i reaktionen , och eftersom det har två platser där det kan vara attackerad av radikaler , är det i slutändan införlivas i två av de växande polymerer . Följaktligen polymer sluta med tvärbindningar mellan dem på slumpmässiga platser längs längden på varje kedja .
Överväganden
Polymeriseringsreaktionen är väldigt snabb , så när du ” ve lagt till TEMED och sulfat , det kommer att ske mycket snabbt . Renheten av dina reagenser är viktigt eftersom föroreningar kan påverka dina resultat . Akrylsyra , till exempel, kan sättas till polymeren och skapar jonbytande platser som kan orsaka lokala pH-variationer i en gel. Den resulterande gelen kan fortfarande innehålla en del akrylamidmonomeren , och akrylamid är ett nervgift , så alltid vidta lämpliga försiktighetsåtgärder vid arbete med SDS-geler . Addera